總說 / 1
**節問題的提出 / 2
第二節觀念與取向 / 11
第三節做法與釋疑 / 29 分說：近代學術的清學糾結 / 47 **章.“國史儒林”與“浙東學術”——阮元《儒林傳稿》敘學成就管窺 / 57
**節《儒林傳稿》所記黃宗羲一系學者 / 59
第二節黃宗羲一系學者與“浙東學術”的關系 / 67
第三節浙東學術指稱的聯系與分別 / 85 第二章.漢學名義與惠棟學統——《漢學師承記》撰述旨趣再析 / 89
**節易學與漢學發端 / 91
第二節求古與求是 / 102
第三節確立惠棟漢學正統 / 113 第三章.從“格致”到“科學” ——晚清學術體系的過渡與別擇（1895—1905）/ 125
**節從 Philosophy到 Science的西學“格致”/ 125
第二節中西“格致”辨義 / 133
第三節“西學格致”體系的形成 / 141
第四節從“格致學”到日本“科學”/ 148
第五節嚴譯“科學”與日本“科學”辨義 / 154 第四章.歷史分期觀念與“中國近世史”的生成 / 164
**節分期、進化、日本 / 165
第二節接受與再創 / 175
第三節以當世觀近世 / 187
結語 / 194 第五章 李濟的中國民族史研究——“去民族化”與推動中國科學發展的矛盾結合 / 197
**節擺脫“民族主義”的方法：體質、民族志與小范圍區域比較 / 199
第二節中國民族史的范圍 / 207
第三節人種研究的困境 / 210
余論為推動中國科學發展而堅持的人類體質研究 / 217 第六章.近代佛教界顯密紛爭的再探討 / 222
**節“禪凈”糾葛與“密凈”分歧 / 224
第二節復興道路的分離 / 238
第三節融會顯密的努力 / 256
第四節由會通走向分離 / 271
結語 / 281 第七章 1930年前后中國關于“學術自由”“學術社會”的思想與制度 / 284
**節問題的提出 / 284
第二節關于建設“學術社會”的“思想”/ 288
第三節當時的“制度”及其問題 / 298
第四節學人的“行為”及其問題 / 303
結語“思想”和“制度”之間的矛盾 / 318 第八章 科學時代的人文主義 ——國難之際浙江大學學術轉型 / 320
**節“辦大學者不能不有哲學中心思想” / 322
第二節“求是”校訓 / 333
第三節新史學的追求：史地合一與應對國難 / 339
第四節義理與辭章：中西新舊之間 / 347
第五節政學糾葛：文學院革新運動 / 355
第六節科學時代人文主義的困境與出路 / 364 征引文獻 / 369
人名索引 / 388