1 緒論 001 參考文獻(xiàn) 007 2 含磷化合物的合成機(jī)理 009 2.1 磷-氫鍵的構(gòu)筑原理 010 2.2 磷-碳鍵的構(gòu)筑原理 015 2.3 磷-氧鍵的構(gòu)筑原理 024 2.4 磷-硫鍵的構(gòu)筑原理 026 2.5 磷-氮鍵的構(gòu)筑原理 027 2.6 磷-氯鍵的構(gòu)筑原理 032 2.7 磷-磷雙鍵的構(gòu)筑原理 035 2.8 含磷化合物 037 2.8.1 三配位磷化合物 038 2.8.2 四配位磷化合物 039 2.8.3 五配位磷化合物 040 參考文獻(xiàn) 041 3 含磷化合物的手性立體化學(xué)、譜學(xué)及其理論計(jì)算 045 3.1 五配位磷化合物概述 046 3.2 手性光譜的理論基礎(chǔ)及儀器原理 049 3.2.1 電子圓二色光譜 049 3.2.2 振動(dòng)圓二色光譜 055 3.3 雙氨基酸手性五配位氫磷烷的譜學(xué)性質(zhì) 060 3.3.1 雙氨基酸手性五配位氫磷烷的4JH-C-N-P-H 060 3.3.2 雙氨基酸手性五配位氫磷烷的1JP-X 064 3.3.3 雙氨基酸手性五配位氫磷烷的X射線晶體結(jié)構(gòu) 067 3.3.4 雙氨基酸手性五配位氫磷烷的固體ECD光譜 069 3.3.5 雙氨基酸手性五配位氫磷烷的理論ECD光譜研究 074 3.3.6 雙氨基酸手性五配位氫磷烷的VCD光譜 078 3.3.7 雙氨基酸手性五配位氫磷烷的集成手性光譜研究 092 參考文獻(xiàn) 094 4 金屬有機(jī)膦配體計(jì)算化學(xué) 099 4.1 膦配體簡(jiǎn)介 100 4.2 叔膦配體參與金屬催化的有機(jī)反應(yīng)機(jī)理 103 4.2.1 單膦配體 103 4.2.2 雙膦配體 120 4.2.3 多膦配體 135 4.2.4 膦/氮配體 138 4.2.5 膦/烯配體 150 4.3 亞磷（磷、次磷）酸衍生物配體參與金屬催化的有機(jī)反應(yīng)機(jī)理 152 4.3.1 單磷配體 152 4.3.2 磷/氮配體 156 4.3.3 磷/烯配體 162 4.4 膦酰基衍生物配體參與金屬催化的有機(jī)反應(yīng)機(jī)理研究 165 4.4.1 有機(jī)磷酸 165 4.4.2 氧化膦 167 4.4.3 膦酰胺 169 參考文獻(xiàn) 173 5 膦催化有機(jī)反應(yīng)理論 177 5.1 叔膦催化有機(jī)反應(yīng)理論 178 5.1.1 概述 178 5.1.2 叔膦催化聯(lián)烯活化 180 5.1.3 叔膦催化炔烴活化 204 5.1.4 叔膦催化偶氮活化 215 5.2 磷酸催化有機(jī)反應(yīng)理論 217 5.2.1 概述 217 5.2.2 磷酸催化亞胺活化 221 5.2.3 磷酸催化酮的活化 226 5.2.4 磷酸催化亞硝基化合物的活化 229 參考文獻(xiàn) 233 6 磷的生物化學(xué)理論計(jì)算方法與實(shí)例 241 6.1 含磷生物化學(xué)體系與過(guò)程 242 6.1.1 核苷酸 242 6.1.2 含磷輔酶 244 6.1.3 核酸 245 6.1.4 磷脂 246 6.1.5 磷酸化與脫磷酸化 246 6.2 生物化學(xué)過(guò)程理論模擬方法 247 6.2.1 常用的理論計(jì)算研究方法 248 6.2.2 **性原理方法 250 6.2.3 分子力學(xué)方法 255 6.2.4 量子力學(xué)/分子力學(xué)組合方法 261 6.2.5 分子模擬與自由能計(jì)算 265 6.3 含磷生物化學(xué)體系理論計(jì)算實(shí)例 276 6.3.1 酶促ATP合成的自由基離子對(duì)機(jī)理：基于簡(jiǎn)化模型的QM計(jì)算 276 6.3.2 輔酶Ⅱ催化氧化脫羧反應(yīng)機(jī)理：基于隱式溶劑模型的QM計(jì)算 282 6.3.3 酶催化Baeyer-Villiger反應(yīng)：QM/MM模型的幾何優(yōu)化與微迭代 287 6.3.4 焦磷酸激酶催化磷酸轉(zhuǎn)移反應(yīng)機(jī)理：基于QM/MM模型的機(jī)理 295 6.3.5 肌動(dòng)蛋白絲中ATP水解機(jī)理: QM/MM模型結(jié)合多元?jiǎng)恿W(xué)模擬 302 6.3.6 核酸聚合的自激活機(jī)理：Car-Parrinello MD結(jié)合多元?jiǎng)恿W(xué)模擬 307 參考文獻(xiàn) 313 7 含磷藥物計(jì)算化學(xué) 317 7.1 含磷藥物分類(lèi) 318 7.1.1 磷酰胺類(lèi) 318 7.1.2 雙膦酸類(lèi) 320 7.1.3 磷酸酯類(lèi) 321 7.2 含磷藥物與納米材料配合物 323 7.2.1 富勒烯 323 7.2.2 單壁碳納米管 324 7.3 含磷藥物與酶作用的理論計(jì)算研究 325 7.3.1 溶菌酶 325 7.3.2 1-脫氧-2-木酮糖-5-磷酸還原異構(gòu)酶 326 7.3.3 HIV-1逆轉(zhuǎn)錄酶 327 7.3.4 細(xì)胞周期依賴(lài)性蛋白激酶CDK9 329 7.3.5 乙酰膽堿酯酶 330 7.3.6 新型氨基磷酸酯作為潛在脲酶抑制劑的DFT研究 331 7.3.7 基質(zhì)金屬蛋白酶 333 參考文獻(xiàn) 335 8 含磷農(nóng)藥計(jì)算化學(xué) 337 8.1 含磷農(nóng)藥活性 338 8.2 含磷農(nóng)藥降解機(jī)理 339 8.2.1 殺螟硫磷的親核降解反應(yīng)機(jī)理 340 8.2.2 對(duì)硫磷的親核降解反應(yīng)機(jī)理 341 8.2.3 沙林毒氣的親核降解反應(yīng)機(jī)理 343 8.2.4 吸附金屬離子促進(jìn)含磷農(nóng)藥的親核降解反應(yīng) 344 8.2.5 含磷農(nóng)藥的其他降解反應(yīng)機(jī)理 346 8.3 含磷農(nóng)藥與β-環(huán)糊精 348 8.3.1 β-環(huán)糊精對(duì)含磷農(nóng)藥的分子識(shí)別 348 8.3.2 β-環(huán)糊精改變含磷有機(jī)農(nóng)藥分子的生物活性 349 8.4 含磷農(nóng)藥在無(wú)機(jī)納米結(jié)構(gòu)上吸附分離 351 8.4.1 含磷農(nóng)藥在地開(kāi)石表面的吸附 351 8.4.2 含磷農(nóng)藥在菱鎂礦制備的分層多孔氧化鎂微球上的吸附 354 8.5 含磷農(nóng)藥與DNA作用 355 參考文獻(xiàn) 357 9 含磷材料計(jì)算化學(xué) 359 9.1 含磷材料概述 360 9.2 黑磷類(lèi)材料的理論研究 361 9.2.1 層數(shù)依賴(lài)電子結(jié)構(gòu)性質(zhì) 361 9.2.2 黑磷降解機(jī)理及解決辦法 364 9.3 磷納米類(lèi)材料的理論研究 366 9.3.1 黑磷類(lèi)納米材料 367 9.3.2 藍(lán)磷類(lèi)納米材料 370 9.3.3 金屬磷類(lèi)納米材料 370 9.4 含磷聚合物類(lèi)材料的理論研究 373 9.4.1 單體的結(jié)構(gòu)對(duì)聚合反應(yīng)的影響 373 9.4.2 間隙能對(duì)磷聚合物用作腐蝕抑制劑的影響 374 9.4.3 磷聚合物機(jī)理的研究 375 9.5 磷摻雜類(lèi)材料的理論研究 376 9.5.1 磷摻雜石墨烯提高石墨烯電極材料電化學(xué)性能 377 9.5.2 磷摻雜鈣鈦礦改善ORR和OER活性 377 9.5.3 磷摻雜TiO2調(diào)節(jié)TiO2的帶隙 378 參考文獻(xiàn) 380 索引 382