第1章 基因組學概述
1．1 基因組學的定義和分類
1．2 基因組學的歷史回顧和挑戰
1．3 基因組學的研究范圍和方法
1．4 微生物功能基因組學的重要性

第2章 基因功能預測的計算方法
2．1 基因功能推斷的方法
2．2 從基因序列到功能
2．3 以結構為基礎的功能預測
2．4 在系統水平上的功能推斷
2．5 非同源的方法進行功能推斷

第3章 微陣列基因表達譜數據分析
3．1 微陣列基因表達數據的歸一化
3．2 微陣列基因表達譜結果分析
3．3 共表達基因的識別
3．4 差異表達基因的識別
3．5 基因表達數據分析在途徑推理中的應用

第4章 病原細菌的生物危害及其耐藥性
4．1 病原細菌與細菌性疾病
4．2 病原細菌的生物危害及防護對策
4．3 細菌的分泌系統
4．4 病原細菌的耐藥性
4．5 抗菌藥物的分類及作用機制

第5章 研究細菌致病機制的動物模型
5．1 哺乳動物感染模型
5．2 非哺乳類脊椎動物感染模型：斑馬魚
5．3 無脊椎動物感染模型：秀麗隱桿線蟲和其他線蟲
5．4 昆蟲感染模型
5．5 植物感染模型
5．6 細胞感染模型

第6章 病原細菌致病基因組研究策略
6．1 病原細菌基因組研究進展
6．2 病原細菌比較基因組學研究策略
6．3 功能基因組學研究策略
6．4 細菌致病有關的基因決定簇

第7章 研究病原細菌基因功能的新方法
7．1 體內表達技術及其應用
7．2 重組工程及其在細菌遺傳學中的應用
7．3 蛋白質組學在研究病原微生物基因功能中的應用

第8章 細菌入侵細胞的主要機制
8．1 細菌進入宿主細胞的機制
8．2 細菌在細胞質中的作用機制
8．3 細菌在囊泡中的作用機制

第9章 細菌對宿主防御系統的免疫逃避機制
9．1 細菌對宿主營養物質的利用：以銅綠假單胞菌的研究為例
9．2 細菌逃避補體系統
9．3 細菌對抗菌肽的抗性
9．4 細菌誘導宿主細胞死亡
參考文獻