緒論
  **節  生物信息學的興起
  第二節  生物信息學的內涵及其在生命科學中的應用
    一、生物信息學的內涵
    二、生物信息學在現代生物醫學中的應用
  第三節  大數據時代的生物信息學與醫學
    一、人類基因組計劃
    二、組學與生物信息學
    三、大數據時代的生物信息學與醫學
**篇  生物信息學基礎
**章  生物序列資源
  **節  引言
  第二節  ncbi數據庫與數據資源
    一、ncbi序列數據庫概述
    二、ncbi中的重要子庫介紹
  第三節  ucsc基因組瀏覽器與數據資源
    一、ucsc概述
    二、ucsc基因組瀏覽器
    三、ucsc中的數據資源和常用工具
  第四節  embl-ebi數據庫與數據資源
    一、embl-ebi數據庫概況
    二、embl基因組和核酸序列資源
    三、uniprot蛋白質數據資源
    四、biomart數據檢索平臺
  第五節  重要的非編碼基因數據庫
    一、encode數據庫與數據資源
    二、microrna數據資源mirbase
  小結
第二章  序列比對
  **節  引言
    一、同源、相似與距離
    二、相似與距離的定量描述
    三、算法實現的比對
    四、序列比對的作用
  第二節  比對算法概要
    一、替換計分矩陣
    二、雙序列全局比對
    三、雙序列局部比對
    四、多序列全局比對
    五、多序列局部比對
    六、比對的統計顯著性
  第三節  數據庫搜索
    一、經典blast
    二、衍生blast
    三、blat
    四、rna序列搜索
    五、數據庫搜索的統計顯著性
  第四節  比對軟件、參數與數據資源
    一、參數選擇的一般原則
    二、主要比對軟件
    三、ebi中的序列比對工具
    四、ucsc中的blat比對工具
  第五節  比對技術的發展
    —、glocal比對
    二、全基因組比對
  小結
  ……
第三章  序列特征分析
第四章  分子進化分析
第五章  基因表達數據分析
第二篇  功能基因組信息學
第六章  蛋白質組與蛋白質結構分析
第七章  基因注釋與功能分類
第八章  轉錄調控的信息學分析
第九章  生物分子網絡與通路
第十章  計算表觀遺傳學
第三篇  生物信息學與人類復雜疾病
第十一章  復雜疾病的分子特征與計算分析
第十二章  非編碼rna與復雜疾病
第十三章  新一代測序技術與復雜疾病
第十四章  藥物生物信息學
第十五章  生物信息學相關學科進展
中英文名詞對照索引
英中文名詞對照索引
致謝